Hver enkelt Scientology kirke er oprettet som en separat enhed og ledes af sin egen bestyrelse. De ledende medarbejdere udgør også kirkens gejstlige ledelse og er fuldt ansvarlige for at stille kurser og auditering til rådighed for medlemmerne.
Church of Scientology International (CSI), Scientology religionens moderkirke, har sit hovedkontor i Los Angeles. CSI fører tilsyn med de kirkelige aktiviteter, der udøves af alle organisationer, grupper, og Scientology kirker verden over og sørger for, at de individuelle kirker modtager vejledning i deres virke. CSI sørger også for den overordnede planlægning og rådgivning, som er nødvendig for at støtte kirkens internationale vækst.